В вашем случае можно попытаться немного выбрать ракушняка из грунта. Оставшийся(до конца не совсем выбраный)сильно жесткость воды не нарушит.Вы ведь сами хотели черно-белый сделать грунт. Что касается перезапуска-то,просто прокипятив крунт(не сразу весь,а по частям),можно его в несколько приемов просто добавлять в акву. Тем самым вы и биобаланс не нарушите. Если вы захотите растения сажать прямо в грунт,то это можно будет потом сделать,когда биобаланс восстановится. Если захотите внести подкормку под корни,то можно сделать небольшие вазончики,а когда растения адаптируются и пойдут в рост,им будет легче пережить пересадку в открытый грунт. А кислотой выпаливать из грунта,я думаю,ничего не надо.